Las piezas exhibidas en esta sala cubren tres momentos fundamentales de este período: el imperio de Felipe II, los efectos de la Contrarreforma en las artes -con obras de la escuela quiteña y la etapa virreinal que culmina con los testimonios de la Expedición Botánica- y los primeros alzamientos contra el imperio español. También se exhiben testimonios de la esclavitud africana, los palenques, la resistencia a la hispanización, la esclavitud de los indígenas, los corsarios, la vida cotidiana, los conventos y el ocaso del imperio español.