El esquema conceptual se basa en un abordaje temático (no cronológico) a las colecciones y los aspectos que el Museo considera relevantes. Se divide en dos grandes bloques: el territorio y los individuos. Estos dos temas son indisolubles, ya que es imposible pensar a los individuos sin el territorio o al territorio sin el impacto que generan los que lo habitan. Sin embargo, esta división permite marcar énfasis diferentes en los grandes conjuntos temáticos que presenta el Museo. Así, mientras que el primer piso se concibe como un espacio introductorio general (a diversos temas), el segundo tiene una relación directa con problemas asociados al territorio desde muchas perspectivas. Finalmente, en el tercer piso se abordan materias relacionadas con aspectos más personales, como la identidad, las creencias o las formas de expresión, que si bien se alimentan de los fenómenos tratados en el segundo piso y dependen de factores sociales, culturales y económicos muy complejos, tienen un carácter más individual.

Todos estos temas se desarrollan en un marco temporal que, como se ve en el esquema, rodea a todos los ámbitos. De este modo, es indispensable que cada aspecto se desarrolle desde una perspectiva histórica, sin olvidar incluir el presente y ojalá una prospectiva de futuro. Así el Museo, como cualquier institución museal que siga los postulados de la museología contemporánea, debe hablar de problemas actuales y relevantes para los ciudadanos del siglo XXI. De estos postulados surge el eje transversal más importante para todo el desarrollo del esquema y su apuesta comunicativa con el público: ¿qué tiene que ver conmigo?

Esta pregunta obliga al Museo a ponerse en los zapatos de un visitante del siglo XXI y revisar qué tan relevantes son para ese visitante los asuntos planteados, explorar formas novedosas de comunicarse y entablar diálogos con los ciudadanos, considerados no como espectadores pasivos sino como artífices activos de los contenidos y dinámicas del Museo.

Dicho eje transversal está expuesto desde cuatro categorías existenciales, planteadas por el economista chileno Manfred Max-Neef en su teoría del desarrollo a escala humana: ser, estar, hacer y tener. Todo esto implica la trascendencia de que el Museo dé también respuesta a otra pregunta que aparece como un eje transversal no menos importante, sino más bien derivado de lo expuesto anteriormente: ¿dónde estoy yo?, que debe responder al mandato de representatividad social implícito por ser el Museo de la nacionalidad colombiana.
Además de esto, el esquema incluye una serie de principios rectores (paz, trabajo, diversidad, libertad, creatividad y convivencia) que se desprenden de la Constitución de 1991.

Finalmente, pensando sobre todo en el proyecto de ampliación del Museo, se concibe un giro conceptual que permita pensar los temas propuestos por el Museo Nacional de manera diferente. Cuando se realizaron las etapas del proceso de renovación completa del guion (señaladas en los antecedentes), se creía que los temas planteados en éste deberían abarcar por completo las posibilidades narrativas del Museo. Sin embargo, surge la siguiente pregunta: ¿para qué se necesita la ampliación si en el Panóptico ya están tratados todos los temas?

Evidentemente, la colección del Museo puede ocupar muchas salas nuevas y podría argumentarse que los temas nuevos pueden ser infinitos; el espíritu de la renovación lleva, como es natural, un elemento implícito de abarcabilidad, tendiente a la totalidad. No obstante, después de analizar los avances de las etapas del proceso, se concluyó que la propuesta para el Panóptico presenta una visión endógena, por lo cual se considera complementaria una visión de afuera hacia dentro, la cual ocuparía el nuevo edificio proyectado para la ampliación del Museo, que por lo menos duplicaría su área expositiva. De este modo, es esencial no sólo ver cómo es Colombia, sino cómo el país se inserta en la región y en el mundo.