En el diseño original del edificio, concebido por el arquitecto Thomas Reed en la década de 1850 como la Penitenciaría de Cundinamarca, este espacio fue proyectado para el funcionamiento de la cocina y la denominada Habitación del proveedor. No obstante, durante el período de construcción entre 1874 y 1905, se realizaron varias modificaciones y se destinó para el funcionamiento de la llamada Escuela, en donde se recluían los presos políticos. Pablo Clavijo, militar y recluso implicado en el frustrado golpe de Estado a López Pumarejo, recuerda que en este espacio los presos recibían sus visitas y que posteriormente fue utilizado como bodega de armas.Entre 1947 y 1948, la población carcelaria fue reubicada en la cárcel la Picota y se iniciaron las obras de adecuación del edificio para el funcionamiento del Museo. En ese momento, el espacio se transformó en un auditorio denominado el Salón de Actos y más adelante, tuvo otras remodelaciones. En 1954, con el apoyo del gobierno francés, se readecuó el escenario y la decoración; en 1992 fue reabierto después de un cierre de varios años; y en 1997, se recuperaron las murallas originales.En la actualidad, el Auditorio Teresa Cuervo Borda tiene una capacidad para 255 personas y cuenta con un camerino y sistemas de iluminación, sonido para conferencias y equipos audiovisuales (Vídeo beam, VHS , DVD).